В соответствии с Уставом Конфедерации труда России, высшим органом КТР является Съезд. На Съезде избираются президент КТР, генеральный секретарь, председатель Исполнительного комитета, члены Совета и председатель Совета, члены Контрольно-ревизионной комиссии. Руководящим органом, действующим между Съездами, является Совет КТР, который избирает вице-президентов. Оперативное руководство Конфедерацией осуществляет Исполнительный комитет КТР, в который входят президент, генеральный секретарь и председатель Исполнительного комитета.