В Конфедерации труда России состоит 14 членских организаций. Членские организации КТР охватывают транспортный и производственный сектора экономики, сферы образования, здравоохранения и культуры и сферу услуг. Членские организации КТР представлены в большинстве субъектов Российской Федерации.

Профсоюзы транспортного сектора в составе КТР — Российский профсоюз моряков (РПСМ), Федеральный профсоюз авиационных диспетчеров (ФПАД) России, Шереметьевский профсоюз летного состава (ШПЛС), Российский профсоюз работников морского транспорта (РПРМТ), Межрегиональный профсоюз лоцманов (МПСЛ), Профсоюз работников ГУП «Московский метрополитен».

Профсоюзы производственного сектора — Межрегиональный профсоюз «Рабочая ассоциация» (МПРА), Межрегиональный профсоюз «Новые профсоюзы» («Новопроф»), Межрегиональное объединение рабочих профсоюзов «Защита труда». Кроме того, ФПАД России, МОРП «Защита труда» и ряд других профсоюзов входят в Федерацию профсоюзов России (ФПР), также являющуюся членской организацией КТР.

Профсоюзы бюджетного сектора — Профсоюз работников здравоохранения «Действие», Межрегиональный профсоюз работников образования «Учитель», Межрегиональный профсоюз работников высшей школы «Университетская солидарность». Кроме того, в КТР состоит профсоюз в сфере культуры — Межрегиональный профсоюз кинематографистов.